Studuji složení, rozmanitost a funkci půdních mikrobiálních společenstev s cílem objasnit jejich schopnost adaptovat se na změny v prostředí, které jsou způsobené lidskými aktivitami, jako jsou aplikace produktů čistíren odpadních vod do zemědělských půd. Mezi léčivy, které jsou v těchto produktech obsaženy, nás nejvíce zajímají makrolidy, druhé nejčastěji užívané antibiotika v ČR. Zaměřuji se také na biologii, ekofyziologii a genomiku aktinomycet a jejich rezistom. Zajímá mne, jaké adaptační mechanizmy umožňují aktinomycetám obsadit specifické niky a vytvářet úzké vztahy s vyššími organizmy, zejména s rostlinou či člověkem.